受新冠疫情影响，日本全国多地的中小学在3月初相继停课，随着5月25日日本全境解除紧急状态，日本各地的学校也逐渐复课。
文部科学省在5月份曾进行了一项调查，截至6月1日，日本全国98%的幼儿园、中小学及特殊教育学校等已复课。其中，公立学校的复课率达99%。
公立学校中，已完全恢复正常授课的占55%，只在上午授课的占17%，为减少同时在校人数而实施“分散上课”(按年级和班级等错开上课时间)的约占27%。而未完全恢复正常授课的大多数学校表示，将陆续在6月中下旬恢复正常的教学秩序。
从地域来看，大阪府、福井县等5府县大部分的府立、县立学校实行缩短教学时间的复课，而东京都、千叶县、神奈川县等10都县则实施“分散上课”。
为了防止疫情复燃，日本文部科学省向各地教育委员会发布了以“学校的新生活方式”为题的卫生管理指南，将地区的感染风险分为3个等级，内容涉及保持距离的方法、可开展的教学及社团活动等。
学校方面也保持“高度戒备”状态，在福冈县粨屋町的粨屋中学，老师和学生们不仅戴着口罩，在上课前还都领到了防护面罩。据称，学校每天都会对防护面罩进行消毒。
一名男同学表示：“虽然戴着这个东西不方便，但是能够让人安心。”女同学也表示：“虽然今后逐渐热起来了，有点担心戴着会难受，但是大家又能够一起到校学习了，还是很高兴的。”
福井县永平寺町的上志比小学，学生们带着口罩来到学校后，一进教室就马上洗手，此外，老师还会对学生们的体温和家人的健康状况进行确认，为了防控疫情，学校还将原本的两人并排坐改成了一个人坐，教室通风换气也贯彻到底。
因为停课时间过长，目前日本各个学校也在设法补齐学生因长期停课而落下的学习进度。
这次日本长时间的停课 产生了诸多问题， 之前日本社会也出现了针对“9月开学”问题的争论。
据最新消息，日本首相安倍在6月1日和2日，接连与自民党及公明党议员就“9月入学”问题进行了会谈。自民党向安倍提交了一份建言书，其中指出，引进9月入学制度必须经过全体国民的同意，需要一定时间才能付诸实施，因此不宜操之过急。
鉴于此，安倍表示，“目前正值紧急事态宣言解除，中央及地方政府等致力于保障教学环境的时期，在本年度或明年度修改相关法律并引进新的制度十分困难”，以此表示不会在本年度或明年度实施9月入学制度。
有报道称，日本文部科学省将在这一意向的基础上，最早于本周内公布相关应对方针，以致力于让学生赶上被耽误的学习进度。据介绍，即将公布的方针中，包括举例说明应优先进行的教学内容、利用暑假及周六追赶进度以及将本年度没有完成的学习内容延到下一年度进行等。
另一方面，也有意见认为，推行国际通用的“9月入学制”能够提升学生赴海外留学的意愿，促进归国子女就业，从而提高日本的国际竞争力。鉴于此，日本政府计划与执政党一道，将此作为一个长期课题继续进行探讨。
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